真吾君は、人間と悪魔が平和に共存できる世界を作る為の協力者を求めて、日夜魔法陣の研究に没頭していた、そんな或日、彼の前に現れた全身目だらけの百目によって“見えない学校”に連れて行かれる。
そこで校長であるファウスト博士に出会い、自分が1万年に1人現れるという“悪魔くん”である事を知らされる。そして、ファウスト博士の指導の下に、真の悪魔くんとなって卒業し、ソロモンの笛を伝授される。
その笛によって12人の仲間と契約を交わした悪魔くんは、ついに長年の夢である正義の力を手に入れたのである。こうして悪魔くんは、彼等の力を借りると共に、みずからも魔除けの風呂敷きで身を守り、タロットカードを駆使して、東獄大帝率いる悪魔軍団に立ち向かって行く。
